Vor etwa 15 Millionen Jahren schlug ein großer Asteroid im Gebiet des heutigen Bayern ein. Die sandhaltigen Sedimente waren reich an Tiefquarz und sind am Ort des Einschlages geschmolzen und durch den immensen Druck in eine Entfernung von 250 bis 400 Kilometer geschleudert worden, in nordöstlicher Richtung, also auf das Gebiet des heutigen Tschechiens.
Stücke der Glasschmelze erstarten noch während des Fluges durch die Lüfte und es bildeten sich verschiedenartige Formen, zum Beispiel Kugeln, Tropfen, Scheiben oder diverse unregelmäßige Spritzer. Diese Stückchen kamen dann als Moldaviten nieder, die im Laufe der Zeit durch Wasser und Gravitation in lokale landschaftliche Depressionen gebracht wurden und lagerten sich hier in verschiedenen Schichten ab.
In den Sedimentschichten wirkte dann auf die Oberfläche der Moldaviten Millionen Jahre lang Wasser ein, das an ihrer Oberfläche eine markante unverwechselbare Struktur bildete – die fachlich Skulptation genannt wird.
Die bekannteste und reichhaltigste Fundstätte von Moldaviten liegt in einem relativ schmalen Streifen zwischen die südböhmischen Städten Písek und Nové Hrady, am westlichen Rande des Budweiser Beckens. Aus dieser Lokalität stammen 99% aller gefundenen Moldaviten.